El Departamento de Neurología y Psiquiatría se crea el 22 de marzo de 1996 por el Dr. Guillermo García Ramos y desde entonces está integrado, además de las áreas de Neurología y Psiquiatría, por las áreas de Neurofisiología, Trastornos del Dormir y Psicología.
La coordinación del área de Psiquiatría está actualmente a cargo de la Dra. María de los Ángeles Vargas, la de Neurofisiología por el Dr. Bruno Estañol Vidal, mientras que la de Clínica de Trastornos del Dormir por la Dra. Matilde Valencia Flores y la de Psicología por la Psic. Sofía Sánchez Román.
El 1 de marzo de 1999, se inició el curso de posgrado para médicas y médicos especialistas de Neurofisiología como sede universitaria de la UNAM (profesor titular Dr. Bruno Estañol Vidal) y en febrero de 2000, se graduó la primera generación de neurofisiólogos. El 1 de marzo de 2000, el Departamento se convirtió en sede universitaria de la UNAM de la residencia en la Especialidad de Neurología, inicialmente el profesor titular fue el Dr. Guillermo García Ramos y a partir del 2012 el profesor titular es el Dr. Felipe Vega Boada.
En junio de 2001, fueron inauguradas las nuevas instalaciones por el Dr. Donato Alarcón Segovia, entonces director general de Instituto, donde actualmente se encuentra el Departamento. En febrero de 2002, se graduó la primera generación de Neurólogos formados en el Departamento: Dr. Horacio Sentíes Madrid y Dr. José Francisco Téllez Zenteno. En marzo 2002, se inicia en el Departamento el posgrado de alta especialidad en enfermedad vascular cerebral como sede universitaria de la UNAM (profesor titular Dr. Carlos Gerardo Cantú Brito). En marzo 2006, se integra al Departamento la primera sede universitaria del posgrado de alta especialidad en psiquiatría de enlace (profesora titular Dra. Judith González Sánchez).
En abril de 2011, el Dr. Guillermo García Ramos fue nombrado director de Medicina del Instituto y desde entonces la jefatura del Departamento se encuentra a cargo del Dr. Carlos Gerardo Cantú Brito.
Entre 2011 y 2020 se han creado los Posgrados de Alta Especialidad de Nervio y Músculo, Enfermedades Desmielinizantes y Trastornos del Sistema Autónomo.