En agosto del 2006, la Dirección de Planeación sufre una transformación estructural, creando el Departamento de Organización y Modernización Administrativa, el cual se integra por la Coordinación de Calidad y la Coordinación de Organización y Modernización.
El 14 de septiembre del 2006, se inaugura formalmente el Centro Integral de Servicios (CIS), a cargo del Departamento de Organización y Modernización Administrativa, cuyo objetivo es ofrecer información y orientación referente a estudios que proporciona el Instituto a la población usuaria de manera personalizada, así como la gestión de trámites e identificar áreas de oportunidad a través de la voz de los mismos (encuestas aplicadas a las personas beneficiarias y a sus familiares).
En noviembre del 2010, el Mtro. Esteban Camacho del Monte, deja el cargo de Jefe de Departamento y es nombrado el C.P. Miguel Ángel Lima Alarcón como titular, en diciembre del mismo año se encomienda al puesto a iniciar con la identificación y seguimiento de los riesgos administrativos a nivel institucional, en enero de 2019, la Unidad de Mejora Continua de la Calidad se incorpora al Departamento con la finalidad de definir y establecer los criterios que determinen la mejora de los procesos clínicos. A partir del 01 de febrero de 2023 la C.P. Merit Fabiola Morales es nombrada jefa del Departamento de Organización y Modernización Administrativa.