Aunque la actual Dirección de Nutrición se formó en 1997, su origen se remonta a la creación misma del Instituto Nacional de Nutrición en 1957 como resultado de la transferencia de funciones del extinto Instituto Nacional de Nutriología al Hospital de Enfermedades de la Nutrición.
El Instituto Nacional de Nutriología había sido fundado en 1943 por el Dr. Francisco de Paula Miranda con el objetivo de conocer la alimentación de la población mexicana y, siguiendo las tendencias de la época, de analizar los ali¬mentos mexicanos. En relación con el primer objetivo poco se pudo avanzar; sin embargo, entre las encuestas de alimentación y nutrición que se realizaron destaca la del Valle del Mezquital, notable por su impecable metodología y por la riqueza de la información obtenida. Por lo que toca a los análisis de alimentos, el Instituto contó con el apoyo parcial de las fundaciones Kellogg y Rockefeller y con una cercana colaboración con el Instituto Tecnológico de Massachusetts; el avance fue notable y ya para 1951 aparecían informados minuciosamente en la revista Ciencia los resultados relativos a 816 alimentos. Con muy pocas correcciones y adiciones, esta fue hasta 1996, la información bromatológica de la que se disponía en el país. Hoy se cuenta con muchos más datos por los análisis realizados en nuestra Dirección.
A su vez, el Hospital de Enfermedades de la Nutrición (HEN) había sido fundado en 1946 por el Dr. Salvador Zubirán. Ahí se cultivaba la nutriología con el sentido que en ese entonces se daba al término en los Estados Unidos y en Argentina. En contraste con el Instituto Nacional de Nutriología cuyo enfoque era epidemiológico y se concentraba en la bromatología y con el Hospital Infantil de México que atendía la clínica de la desnutrición infantil casi siempre primaria, este nuevo hospital se enfocaba a los aspectos clínicos de la desnutrición secundaria en el adulto y al estudio simultaneo de las enfermedades primarias casi siempre gastroenterológicas, endocrinas y nefrológicas y que incluía parte de la medicina interna, diversos trastornos metabólicos, la obesidad y las deficiencias de vitaminas. El HEN realizó varias contribuciones nutriológicas importantes entre las que destaca el trabajo de Zubirán y Gómez Mont sobre los efectos de la desnutrición en el sistema endocrino en más de 500 pacientes adultos, publicado en el volumen XI de 1953 de Vitamins and Hormones, que a escala internacional se convirtió en una cita clásica sobre este tema.
La muerte del Dr. Miranda afectó seriamente el funcionamiento del Instituto Nacional de Nutriología hasta que, para conservar sus funciones, el gobierno de la República decidió fusionarlo con el Hospital de Enfermedades de la Nutrición y formar así el Instituto Nacional de la Nutrición (INN) cuya dirección quedó a cargo del Dr. Zubirán. Con ello el Hospital adquirió entonces el carácter de instituto y de nacional con responsabilidades mucho más amplias y ya no limitadas por sus muros, que incidían en la salud pública y ya no sólo en la clínica.
Como parte de la reorganización administrativa del nuevo Instituto y para cumplir las funciones del extinto Instituto Nacional de Nutriología se creó una "División de Nutrición" cuya integración se encomendó al Dr. Adolfo Chávez.
Durante los siguientes tres lustros el trabajo de la División de Nutrición se concentró en la realización de encuestas de alimentación y nutrición en distintas regiones del país, fundamentalmente en el medio rural, así como en algunos estudios específicos como el de la pelagra en Yucatán, la lactancia en la zona Mixteca, el bocio endémico y las anemias de origen nutricio en diversos lugares del país y el estudio sobre desarrollo infantil en Tezonteopan, Puebla.
En 1968, nació el Departamento de Fisiología de la Nutrición y Tecnología de Alimentos en la División de Nutrición que reinició estudios de bromatología e inició los de calidad de las proteínas, nuevos recursos proteínicos y composición de leche de mujeres de Tezonteopan, Puebla. Con la creación del CONACYT y de su Programa Indicativo de Alimentación (PRONAL), el Departamento creció notablemente y por ello, en abril de 1982 la Dirección General decidió formar a partir de él tres departamentos (Fisiología de la Nutrición, Ciencia y Tecnología de los Alimentos y Nutrición Animal) e integrarlos en una nueva División de Nutrición Experimental y Ciencia de los Alimentos. El resto de la hasta entonces División de Nutrición pasó a llamarse División de Nutrición de Comunidad con tres departamentos (Estudios Experimentales Rurales, Vigilancia Epidemiológica de la Nutrición y Educación en Nutrición). Un año más tarde, ambas divisiones se transformaron en direcciones de área y finalmente, en 1997 las dos Direcciones se reunieron en la actual Dirección de Nutrición.
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