El Instituto cuenta con Residencias Médicas y Posgrados de Alta Especialidad en Medicina para Médicos Especialistas. Todos ellos cuentan con el aval de la División de Estudios de Posgrado de la Universidad Nacional Autónoma de México. Al finalizar, los médicos egresados obtienen un diploma institucional y un diploma universitario.
Contamos con programas de especialización tanto en áreas médicas como quirúrgicas. Es requisito indispensable el contar con la formación previa establecida como prerrequisito para acceder a cualquier programa de especialidad de entrada indirecta.
| Curso | Prerrequisito | Duración | Profesor titular |
| Especialidades de entrada directa | |||
| Anatomía Patológica | Entrada Directa | 3 años | Dr. Arturo Ángeles Ángeles |
| Anestesiología | Entrada Directa | 3 años | Dr. Victor M. Acosta Nava |
| Angiología y Cirugía Vascular | Entrada Directa | 2 años de CG 4 años de Angiología | Dr. Carlos A. Hinojosa Becerril |
| Cirugía General | Entrada Directa | 5 años | Dr. Rubén Cortés González |
| Genética Médica | Entrada Directa | 3 años | Dr. Osvaldo Mutchinick B. |
| Geriatría | Entrada Directa | 4 años | Dr. Juan Miguel Antonio García Lara |
| Medicina Interna | Entrada Directa | 4 años | Dr. Alfonso Gulías Herrero |
| Imagenología Diagnóstica y Terapéutica | Entrada Directa | 4 años | Dra. Mónica Chapa Ibargüengoitia |
| Urología | Entrada Directa | 2 años de CG 4 años de Urología | Dr. Fernando Gabilondo Navarro |
| Medicina Nuclear | Entrada Directa | 3 años | Dr. Eleazar Ignacio Álvarez |
| Patología Clínica | Entrada Directa | 3 años | Dr. Raymundo David Valdez Echeverría |
| Especialidades de entrada indirecta | |||
| Biología de la Reproducción | GO, MI o ENDO | 2 años | Dr. Fernando Larrea Gallo |
| Coloproctología | CG | 2 años | Dr. Omar Vergara Fernández |
| Dermatología | 2 años de MI | 3 años | Dra. Judith Domínguez Cherit |
| Endocrinología | MI | 2 años | Dr. Francisco J. Gómez Pérez |
| Gastroenterología | MI | 3 años | Dr. Mario César Peláez Luna |
| Hematología | MI | 3 años | Dra. Déborah Martínez Baños |
| Infectología | MI | 2 años | Dr. Guillermo Ruíz Palacios |
| Medicina Crítica | 3 años MI o ANEST | 2 años | Dr. Guillermo Domínguez Cherit |
| Nefrología | MI | 3 años | Dr. Ricardo Correa Rotter |
| Neurofisiología | Neurologia | 2 años | Dr. Bruno Estañol Vidal |
| Neurología Clínica | 2 años de MI | 3 años | Dr. Felipe Vega Boada |
| Nutriología Clínica | MI,PED | 2 años | Dra. Ana Luz del C. Reyes Ramírez |
| Oncología Médica | 3 años MI | 3 años | Dr. Eucario León Rodríguez |
| Reumatología | MI | 2 años | Dra. Marina Rull Gabayet |
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Abreviaturas MI CG ENDO GO ANEST PED |
Medicina Interna Cirugía General Endocrinología Gineco-obstetricia Anestesia Pediatría |
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Salvo en los casos en los que expresamente se aclara un período de formación diferente, el prerrequisito es el curso de especialización completo