El Instituto fue creado el 12 de octubre de 1946, bajo el nombre de Hospital de Enfermedades de la Nutrición, actualmente su esencia es la investigación, docencia y asistencia de alta calidad. La biblioteca remonta básicamente su origen a la fundación del Hospital; tenía la función de crear y disponer fondos bibliográficos que fueran la fuente de consulta, la literatura en el campo de investigación del área en ciencias biomédicas. Estos fondos fueron adquiridos por la institución, con el fin de ser una unidad de información reconocida a nivel nacional e internacional.
En 1980, el Departamento inició un el proceso de organización bibliográfica, el cual consistió en realizar la catalogación y clasificación de las colecciones que formaban parte de su acervo, utilizando herramientas que permitieran unificar dichos procesos, con el fin de compartir información a nivel nacional e internacional con organizaciones públicas o privadas afines, utilizando las Reglas de Catalogación Angloamericanas, segunda edición (AACR2); la décimo quinta edición del sistema de Clasificación Decimal de Mevil Dewey, y los encabezamientos de material que utilizaba la Biblioteca Nacional de México.
En 1983, se realizó una evaluación del sistema de Clasificación Decimal de Mevil Dewey, ya que no cubría con las expectativas relacionadas con la gama de conocimientos ni respondía al incremento de las colecciones editoriales, por lo que se tomó la decisión de utilizar el sistema de clasificación de la National Library of Medicine (NLM) la cual era utilizada para la organización de bibliotecas en el campo de la medicina.
Desde 1993, el Departamento cuenta con software, sistemas de información y actualizaciones para facilitar la automatización de sus procesos de adquisición, organización de materiales, atención y consulta de catálogos en línea, a fin de tener acceso de manera eficiente a las colecciones de material bibliográfico, hemerográfico, tesis y folletos.
En 2009, surgió la necesidad de normalizarlos y se tomó la decisión de utilizar los Descriptores en Ciencias de la Salud (DeCS), ya que estaban acordes con la gama de temáticas que se concentran en los acervos bibliográficos del Departamento.