En 1968 el Dr. Héctor Bourges toma a su cargo la formación de un Departamento llamado Fisiología de la Nutrición y Tecnología de los Alimentos, el cual organiza en tres secciones: Fisiología de la Nutrición, Nutrición Animal y Tecnología de Alimentos, es entonces cuando se percibe la necesidad de ir más allá del simple conocimiento de los alimentos a través de su composición química y conservación; por lo que se desarrollan o evalúan productos alimenticios que coadyuven a mejorar la dieta de la población; también se avoca a conocer, adaptar o simplificar técnicas de conservación de alimentos para difundirlas y aplicarlas en las comunidades rurales. Por ello comienzan a formularse productos, más en respuesta a una inquietud interna que a una demanda expresa.
El primero de abril de 1982 tiene lugar la dicotomía de la División de Nutrición, creándose la División de Nutrición Experimental y Ciencia de los Alimentos, y la División de Nutrición de Comunidad, en la primera se crearon los Departamentos de: Ciencia y Tecnología de los Alimentos, Fisiología de la Nutrición y Nutrición Animal.
Para el 13 de abril se inaugura la Planta Piloto de Tecnología Alimentaria en el edificio 4 del INNSZ, y se firma un convenio de colaboración con el Sistema Nacional de Evaluación y el Sistema Alimentario Mexicano.
Durante el mes de junio del mismo año, la entonces M.C. Josefina C. Morales Guerrero es nombrada Coordinadora Interina del Departamento de Ciencia y Tecnología de los Alimentos, para tomar la Jefatura del mismo en enero de 1983.
En 1983 la División de Nutrición Experimental y Ciencia de los Alimentos se vuelve Subdirección, en noviembre de 1997 se crea la Subdirección General de Nutrición y el 1º de octubre de 1999 la Dirección de Nutrición de la que depende el Departamento de Ciencia y Tecnología de los Alimentos.
En agosto del 2022 se designó como Encargado de la Atención y Despacho de los Asuntos del Departamento de Ciencia y Tecnología de los Alimentos al Dr. Israel García Cano, para tomar la Jefatura en enero 2023.
Actualmente se cuenta con una superficie aproximada de 1000 m2 de los cuales el 80% se destina a las áreas experimentales (Laboratorio y Planta piloto)