Las actividades del Departamento de Inmunología y Reumatología comenzaron en 1967, cuando el Dr. Salvador Zubirán nombró al Dr. Donato Alarcón Segovia, antes encargado de la Sección de Inmunología del Departamento de Microbiología, Parasitología e Inmunología. En 1970, la Sección se independiza para constituirse en Departamento de Inmunología y Reumatología, cuyo jefe y fundador fue el mismo Dr. Alarcón Segovia.
En 1972, comienza la residencia en Reumatología y, posteriormente, a principios de 1980, los cursos de maestría y doctorado en Inmunología.
En 1976, se abrió el Servicio de Fisioterapia, el cual hasta la fecha depende de este Departamento, y tiene la finalidad de dar atención a pacientes del Instituto de todas las especialidades, en particular a las y los pacientes con enfermedades reumáticas. La T.F. Verena Gerber Stump fue la primera jefa de la Sección de Fisioterapia. Le siguieron las fisioterapeutas Isabel Herrera Lasso, Andrea Chapa Azuela, Josefina Cicourel Solano, Rocio Cervantes Gaytán. Desde 2019, la encargada de coordinar el Servicio de es la L.T.F. Ana Paola González Díaz.
En 1989, la infraestructura del Departamento se incrementó. En la entrada fue colocada la escultura, “El vuelo de los pájaros” de Ángela Gurría, quien la donó al Dr. Alarcón y que simboliza a los alumnos que van a hacer sus nidos a otros lados después del entrenamiento. El Departamento de Inmunología e Inmunología se hace cargo de las enfermedades autoinmunes, principalmente Lupus Eritematoso generalizado, Artritis Reumatoide y Síndrome Antifosfolípido.
En 1992, el Dr. Donato Alarcón fue nombrado director del Instituto, quedando la jefatura a cargo del doctor Jorge Alcocer Varela, de 1992 a 2001.
El Dr. Jorge Sánchez Guerrero fue jefe del Departamento de 2002 a 2010 y fortaleció la investigación clínica y epidemiológica.
En el 2007, fue abierta una nueva área de aproximadamente 167 m2, con la finalidad de llevar a cabo estudios de investigación clínica.
De 2011 a 2015 el Dr. Jorge Alcocer ocupa el cargo de jefe del Departamento por segunda ocasión. En este periodo se fortaleció la investigación en autoinmunidad en modelos experimentales y en humanos, el estudio de la patogénesis de enfermedades autoinmunes y los mecanismos que median el daño tisular en el contexto de autoinmunidad.
Los grupos de estudio y atención de otras enfermedades autoinmunes se han consolidado. Entre estas: Vasculitis, Esclerosis Sistémica y Sjögren. Se establece el grupo de Gota y del Análisis del Líquido Sinovial.
A partir de 2016, la Dra. Marina Rull Gabayet ocupa el cargo de jefe del Departamento. El Departamento ha sido aceptado en el Programa Nacional de Posgrado de Calidad del Conacyt. La asistencia, la enseñanza y la investigación siguen siendo sus pilares.
En 2018, se inicia una ampliación con un aula, una terraza y oficinas para los médicos e investigadores que integran el Departamento.
Se consolida el grupo de estudio de Miopatías inflamatorias. Se integran a los grupos de estudio y asistencia Enfermedad por IgG4, VEXAS y Espondiloartritis.