Los procedimientos endoscópicos están presentes desde el antiguo hospital de enfermedades de la nutrición a partir de 1950. Es el Dr. Gustavo Serrano Rebeil quien establece esta especialidad hasta su fallecimiento en 1964. El Dr. Alberto Ragasol continuó como consultor de endoscopia y el Dr. Javier Elizondo ingresó con la misma categoría en 1968. En 1971 en las nuevas instalaciones del Instituto en Tlalpan, sólo permaneció el Dr. Elizondo a cargo del servicio de endoscopia
Tomando en cuenta la expansión de técnicas y procedimientos aplicados a gran número de pacientes se creó la Unidad de Endoscopía, siendo elevada a departamento de endoscopia a partir del 1º de Enero de 1983, fue nombrado jefe del departamento el Dr. Javier Elizondo Rivera hasta junio de 1998, en que ocupó la jefatura el Dr. Juan Bobadilla Díaz quien falleció en el año 2002 y es a partir de esta fecha en que el Dr. Francisco Valdovinos Andraca, ocupa la jefatura hasta la actualidad.
El 7 de noviembre de 2017, mediante acuerdo del consejo técnico de administración y presupuesto (cotap), el departamento de endoscopia cambia su nombre al de departamento de endoscopÍa gastrointestinal.