El Instituto de la Nutrición fue creado, por decreto del Congreso de la Unión como Organismo Público Descentralizado, el 12 de octubre de 1944.
Su larga trayectoria y exitosa contribución en la investigación científica en el campo de la salud, la formación y capacitación de recursos humanos calificados, y la prestación de servicios de atención de alta especialidad, culminaron con la aprobación por el decreto de la nueva Ley de los Institutos Nacionales de Salud, el 26 de mayo del 2000, en la que se vio reflejado el cambio de nombre a Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición Salvador Zubirán.
El Departamento de Dietología ha formado parte de la estructura orgánica del Instituto desde su creación, desarrollando sus funciones con cierta independencia, pero siempre informando y coordinándose con los departamentos y servicios de la institución.
Durante 40 años no hubo ningún cambio importante. Fue hasta septiembre de 1986, cuando se propuso la creación del Servicio de Nutriología Clínica, con el objeto de relacionar la nutrición en sus distintos aspectos con la clínica médica. El Departamento de Dietología se dividió en tres áreas de competencia, con funciones técnicas no definidas, además físicamente tenían que compartir las mismas áreas de trabajo, incluyendo los recursos materiales y humanos.
La separación de los servicios, que eran la base de la estructura del Departamento de Dietología, tales como: Control de Alimentos-Almacén de víveres (despensa), Nutrición y Dietoterapia y la Cafetería, complicó aún más el desarrollo de las funciones y en consecuencia el cumplimiento de los objetivos correspondientes a un Departamento, principalmente en el campo de la docencia e investigación. Con estos cambios el Departamento de Dietología se redujo a un simple servicio de cocina y comedores, sin recursos humanos calificados (nivel licenciatura), ni normas y políticas de acción.
De 1986 a 1990, el desarrollo de las actividades fue caótico, con serios obstáculos, sobre todo en las líneas de autoridad de las cuales, por su complejidad, causaron mucha confusión entre el personal que labora en la misma área, con la misma responsabilidad, pero con asignación y línea de mando diferente.
En junio de 1990, se inició la reorganización del Departamento de Dietología, reintegrándose los servicios que antes se habían separado y la reintegración del 50% del personal profesional (nivel licenciatura) que se había adscrito al Servicio de Nutriología Clínica. Se delimitaron las áreas de trabajo, se definieron las funciones, se capacitó al personal y se implantó un sistema computarizado para el manejo de los servicios de alimentación para el personal, control de alimentos, nutrición y dietoterapia, y la cafetería.
En el año 2003, se creó el laboratorio de control de calidad, con la finalidad de asegurar la inocuidad en la alimentación que se otorgaba, realizando análisis microbiológicos en superficies e inertes, siendo éste el único en el país dentro de los servicios de alimentación.
A principios del año 2007, el Departamento de Dietología cambia de nombre a Nutrición Hospitalaria y Ambulatoria, para poder englobar todas las áreas de atención del servicio de pacientes y personal que labora en el Instituto.
En julio del 2007, se realiza cambio de jefe de Departamento, quedando la Lcda. Eunice Elizabeth Alfonso Baruch.
En enero de 2012, el servicio de cafetería es concesionado y el personal adscrito a esta área es reubicado dentro de la Subdirección de Recursos Materiales y Servicios Generales, dejando de proporcionar los insumos a dicha área.
En el año 2016, se unifican presupuestalmente los servicios, quedando en una partida presupuestal, como Departamento de Nutrición Hospitalaria y Ambulatoria, y desapareciendo las secciones de control de alimentos y cocina, y comedor central.