En 1946, surgió la unidad administrativa denominada “Mesa de Personal”, teniendo como función principal la elaboración de la nómina y el control de asistencia. En 1950, se convierte en Departamento de Personal, para mantener la estabilidad laboral.
Derivado al incremento de los servicios prestados por el Instituto, se autorizó su reestructuración, por lo que, a partir de 1994, el Departamento de Personal cambia su nombre a División de Recursos Humanos, y sería integrada por tres Departamentos y una Sección:
La creación del Departamento de Relaciones Laborales tuvo como principal objetivo llevar el control de las prestaciones laborales e incidencias de las servidoras y los servidores públicos, así como vigilar el cumplimiento de los derechos y obligaciones establecidos en las Condiciones Generales de Trabajo, y las disposiciones jurídicas en materia laboral aplicables.
En 1995, la Lcda. Martha Gloria Tovar Acuña ocupa el puesto de jefa de Departamento de Relaciones Laborales. Posteriormente, en 1997, el L.C. Ricardo García Lacheño ocupa la jefatura.
En 1999, por instrucciones de la Secretaría de Hacienda y Crédito Público, la División de Recursos Humanos pasó a denominarse Subdirección de Recursos Humanos, continuando con los mismos Departamentos y la Sección de Informática.
En 2017, el L.C. Ricardo García Lacheño fue designado como Subdirector de Recursos Humanos, nombrando como Encargada de Departamento de Relaciones Laborales a la Lcda. Hilda Isabel Martínez Padilla; en ese mismo año, la Subdirección implementó un nuevo sistema informático para el registro de asistencia del personal y de las incidencias laborales, modificando los procedimientos efectuados al interior del Departamento.
En 2018, el Lic. Gustavo González Galicia ocupa el puesto de jefe de Departamento de Relaciones Laborales. Actualmente, este Departamento está integrado por tres coordinaciones: Normatividad y Asuntos Laborales, Control de Asistencia y Archivo de Personal