Cuando el Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición Salvador Zubirán inició operaciones, el Departamento de Contabilidad era el encargado de controlar los recursos financieros y su aplicación, ahí se planeaba, organizaba, dirigía y supervisaba todas las operaciones inherentes a las finanzas, al control presupuestal y a la custodia de valores.
De acuerdo con esta estructura el Departamento de Contabilidad reportaba directamente a la Superintendencia y tenía a su cargo la Caja General, la Sección de Control Presupuestal, la Sección de Cuentas Corrientes de Enfermos y la Sección de Activo Fijo.
En 1980, a la Caja General se le da la jerarquía de Departamento de Tesorería y a partir de esa fecha le reportaba a la Dirección de Administración (antes Superintendencia).
En 1990, las autoridades del Instituto solicitaron a la Secretaría de Salud (SSA) y a la Secretaría de Hacienda y Crédito Público (SHCP) una estructura orgánica que permitiera un mejor control de los recursos financieros y optimizar sus operaciones.
En 1993, se autoriza la nueva estructura orgánica al Instituto, en la cual se crea la División de Recursos Financieros; quién será la encargada de planear y controlar los recursos federales, cuotas de recuperación y otros ingresos captados en conformidad con las leyes, normas y demás lineamientos emitidos al respecto.
En 1999, la División de Recursos Financieros cambia de nombre a Subdirección de Recursos Financieros.
Los Departamentos que integran esta Subdirección son: Contabilidad, Control Presupuestal y el Tesorería.
En 2008, por acuerdo del Consejo Técnico de Administración y Programación (COTAP) se adiciona el Departamento de Control de Fondos Especiales para la Investigación, la cual era coordinada por la Dirección de Investigación.
En 2012, se realiza la emisión de los estados financieros de acuerdo con el Consejo Nacional de Armonización Contable (CONAC), esto en conforme a la Ley General de Contabilidad Gubernamental publicado el 31 de diciembre del 2008.
En 2015, se reubica la caja denominada “Unicaja” del Departamento de Tesorería con capacidad de 3 ventanillas de cobro instalada en la entrada principal del edificio de hospitalización, esto como consecuencia de la remodelación del área de urgencias, entró en operación la caja de urgencias a medidos del mismo año.
En ese mismo año, la Coordinación de Servicios Subrogados y Seguro Popular que pertenecía directamente a la Subdirección de Recursos Financieros se adhiere al Departamento de Tesorería, esto como resultado de las funciones realizadas por esta coordinación, relativa a la captación de recursos financieros por la prestación de servicios médicos y de hospitalización.
En 2016, con el fin de llevar un mejor control tanto de las operaciones como del personal, se reorganizó y se subdividieron las funciones operativas de la Sección de Cuentas Corrientes de Pacientes Hospitalizados, agrupándose en Subordinaciones como: Recuperación de Adeudos, Cuentas Corrientes y Contable.
Después de dos años de trabajo, por parte del Departamento de Mantenimiento y Desarrollo de Sistemas y del Departamento de Tesorería, en el desarrollo de un nuevo sistema informático que pudiera reemplazar y mejorar el funcionamiento de los sistemas de cobros por servicios médicos ambulatorios denominados “INNSZNet” y “SIPAM” “Sistema Integral del Paciente Ambulatorio”, se logró que esto fuera posible en mayo del 2017, fecha en la que entró en operaciones el sistema informático denominado GRP Net, el cual en sus inicios permitía el cobro únicamente de los servicios ambulatorios a las personas beneficiarias con registro definitivo. A finales del 2018 se incluyeron los cobros por servicios de hospitalización, posteriormente el sistema GRP Net fue creciendo en funciones, lo que conllevó a que los sistemas antiguos fueran totalmente sustituidos.
En 2020, debido a la reconversión del Instituto por declaratoria de Pandemia causada por el virus SARS-CoV-2, se retira el Servicio de Cuentas Corrientes de Pacientes Hospitalizados de los pisos para prestarse solo en planta baja; asimismo, se trasladó a las servidoras y los servidores públicos de esa Sección para integrar las cuentas de personas beneficiarias al Instituto Nacional de Rehabilitación quien prestó sus instalaciones para el desarrollo de cirugías urgentes.
A finales del 2020, se pone en operación el Módulo de Cuentas Corrientes en el Sistema GRPNet, dejándose fuera de uso el desarrollado en ingresos.
En 2020, con la llegada del acuerdo de gratuidad para las personas beneficiarias sin ningún tipo de seguridad social, se realizaron modificaciones al sistema informático del Departamento de Tesorería y de la Sección de Cuentas Corrientes de Pacientes Hospitalizados, así como a los procedimientos y a los horarios de atención, destacándose de entre los cambios, la emisión de un recibo por concepto de gratuidad con la integración del costo de atención pero con saldo en cero y la eliminación del turno nocturno de las servidoras y los servidores públicos de la Sección de Cuentas Corrientes.