El Patronato del INCMNSZ es una de las instancias que apoyan el desarrollo de las actividades de asistencia, docencia e investigación; sustanciales para el desarrollo del Instituto. Así como, formular sugerencias para el mejor desempeño del mismo.
El primer Patronato del INCMNSZ fue nombrado por el Presidente de México en ese tiempo, el General Manuel Ávila Camacho (1940-1946), poco antes de que el Hospital de Enfermedades de la Nutrición se inaugurara, el 12 de octubre de 1946.
Una vez que el Instituto abre sus puertas e inicia actividades, el Presidente de México, en ese tiempo, el Lic. Miguel Alemán Valdés (1946-1952), nombra a los integrantes del segundo Patronato.
Estos fueron: Dr. Salvador Zubirán, Director del entonces Hospital de Enfermedades de la Nutrición, HEN ; los doctores Gustavo Baz e Ignacio Chávez, el Lic. Aarón Sáenz y el señor Emilio Azcárraga; como vocales, así como al señor Rafael Ocaranza y al Lic. Alfonso Caso.
Con la llegada a la presidencia del Lic. Adolfo Ruiz Cortines (1952-1958) se modifica la legislación en materia de salud y se establece que el Secretario de Salubridad y Asistencia debe asumir el cargo de Presidente del Patronato, nombramiento que en ese tiempo le compete a Rafael Pascasio Gamboa. A partir del 15 de enero de 1953, por instrucciones del subsecuente Presidente de la República , Adolfo Ruiz Cortines, es nombrado vocal el señor Ramón Llano.
El tercer Patronato del INCMNSZ, lo conformó el Dr. Gustavo Baz , los señores Rafael Mancera y Justo Fernández, y lo presidió el Secretario de Salubridad y Asistencia, en ese tiempo, el doctor Ignacio Morones Prieto.
El 11 de agosto de 1953 se designó el Cuerpo Consultivo Técnico del entonces Hospital de Enfermedades de la Nutrición, HEN. Este Cuerpo Consultivo, debía aprobar o rechazar las solicitudes de ingreso de los médicos internos, así como aprobar la temática de las tesis presentadas para la obtención del título de médico cirujano.
A partir del primero de diciembre de 1982, durante la presidencia de Lic. Miguel de la Madrid, y por instrucciones del Secretario de Salud, Dr. Guillermo Soberón Acevedo, las funciones del Patronato del INCMNSZ se modifican debido a la creación de una Junta de Gobierno que a partir de entonces, funge como órgano rector para la rendición de cuentas.